| 1. Round | 19/02/2012 | Cienciano | - | Sport Boys | 2:1 | ||||
| 3. Round | 11/03/2012 | Cienciano | - | León de Huánuco | 2:3 | ||||
| 7. Round | 08/04/2012 | Cienciano | - | Unión Comercio | 0:0 | ||||
| 11. Round | 03/05/2012 | Cienciano | - | Inti Gas | 1:2 | ||||
| 12. Round | 06/05/2012 | Cienciano | - | José Gálvez | 3:1 |  |
|||
| 17. Round | 23/06/2012 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 2:3 | ||||
| 18. Round | 27/06/2012 | León de Huánuco | - | Cienciano | 4:1 | ||||
| 22. Round | 11/07/2012 | Unión Comercio | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 23. Round | 15/07/2012 | Cienciano | - | FBC Melgar | 2:0 | ||||
| 24. Round | 18/07/2012 | Sport Huancayo | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 25. Round | 22/07/2012 | Cienciano | - | Alianza Lima | 3:2 | ||||
| 26. Round | 25/07/2012 | Inti Gas | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 27. Round | 29/07/2012 | José Gálvez | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 28. Round | 05/08/2012 | Cienciano | - | Sporting Cristal | 2:1 | ||||
| 29. Round | 08/08/2012 | Juan Aurich | - | Cienciano | 3:0 | ||||
| 30. Round | 12/08/2012 | Cienciano | - | Cobresol FBC | 4:0 |
Peru