| 5. Round | 25/09/2016 | AE Lárissa | - | Olympiakos Piraeus | 1:0 | ||||
| 6. Round | 01/10/2016 | Levadiakos | - | AE Lárissa | 1:1 |  |
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| 7. Round | 17/10/2016 | AE Lárissa | - | AEK Athen | 1:2 | ||||
| 8. Round | 23/10/2016 | PAS Giannina | - | AE Lárissa | 4:0 | ||||
| 12. Round | 26/11/2016 | Asteras Tripolis | - | AE Lárissa | 1:1 | ||||
| 13. Round | 04/12/2016 | AE Lárissa | - | Atromitos | 1:2 | ||||
| 15. Round | 18/12/2016 | AE Lárissa | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 1. Round | 04/01/2017 | AE Lárissa | - | Veria FC | 2:1 |  |
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| 16. Round | 18/01/2017 | Veria FC | - | AE Lárissa | 1:1 |
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