| 1. Round | 18/01/2009 | Deportivo Guadalajara | - | Cruz Azul | 3:3 | ||||
| 2. Round | 25/01/2009 | Deportivo Guadalajara | - | UAG Tecos | 1:0 | ||||
| 4. Round | 08/02/2009 | Deportivo Guadalajara | - | Club Necaxa | 1:1 | ||||
| 5. Round | 15/02/2009 | Santos Laguna | - | Deportivo Guadalajara | 2:1 | ||||
| 7. Round | 22/02/2009 | Monarcas Morelia | - | Deportivo Guadalajara | 1:1 | ||||
| 8. Round | 01/03/2009 | Deportivo Guadalajara | - | CF Pachuca | 5:0 | ||||
| 9. Round | 07/03/2009 | Jaguares Chiapas | - | Deportivo Guadalajara | 2:0 | ||||
| 14. Round | 19/04/2009 | Deportivo Guadalajara | - | CF América | 1:0 | ||||
| 15. Round | 26/04/2009 | Pumas UNAM | - | Deportivo Guadalajara | 1:1 | ||||
| 17. Round | 10/05/2009 | Indios Juárez | - | Deportivo Guadalajara | 3:1 |
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