| 1. Round | 20/08/2006 | Atromitos | - | OFI Heraklion | 2:2 | ||||
| 2. Round | 27/08/2006 | OFI Heraklion | - | AEK Athen | 1:1 |  |
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| 3. Round | 10/09/2006 | Iraklis Saloniki | - | OFI Heraklion | 2:3 | ||||
| 4. Round | 17/09/2006 | OFI Heraklion | - | Olympiakos Piraeus | 1:2 | ||||
| 5. Round | 23/09/2006 | Ergotelis | - | OFI Heraklion | 2:0 | |
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| 10. Round | 12/11/2006 | AO Kerkyra | - | OFI Heraklion | 1:0 | ||||
| 11. Round | 19/11/2006 | OFI Heraklion | - | AO Egaleo | 1:0 | ||||
| 16. Round | 06/01/2007 | OFI Heraklion | - | Atromitos | 4:1 | ||||
| 21. Round | 11/02/2007 | Panathinaikos | - | OFI Heraklion | 2:2 | |
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| 26. Round | 17/03/2007 | AO Egaleo | - | OFI Heraklion | 1:2 | |
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| 28. Round | 22/04/2007 | Skoda Xanthi | - | OFI Heraklion | 4:1 | ||||
| 29. Round | 29/04/2007 | OFI Heraklion | - | Panionios GSS | 3:1 | ||||
| 30. Round | 13/05/2007 | PAOK Saloniki | - | OFI Heraklion | 1:0 | |
Guinea-Bissau
Portugal