| Group A | 20/08/2016 | FBC Melgar | - | Universidad Cesar Vallejo | 1:0 | ||||
| Group A | 25/08/2016 | Universidad Cesar Vallejo | - | Sporting Cristal | 2:1 | ||||
| Group A | 10/09/2016 | Universidad Cesar Vallejo | - | Unión Comercio | 0:1 |  |
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| Group A | 17/09/2016 | Deportivo Municipal | - | Universidad Cesar Vallejo | 2:1 | ||||
| Group A | 24/09/2016 | Universidad Cesar Vallejo | - | Real Garcilaso | 2:0 |  |
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| Group A | 29/09/2016 | Defensor La Bocana | - | Universidad Cesar Vallejo | 1:3 | ||||
| Group A | 15/10/2016 | Universidad Cesar Vallejo | - | Juan Aurich | 2:1 | |
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| Group A | 23/10/2016 | Sporting Cristal | - | Universidad Cesar Vallejo | 7:2 | |
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| Group A | 28/10/2016 | Unión Comercio | - | Universidad Cesar Vallejo | 3:1 | ||||
| Group A | 04/11/2016 | Universidad Cesar Vallejo | - | Deportivo Municipal | 3:0 | ||||
| Group A | 20/11/2016 | Real Garcilaso | - | Universidad Cesar Vallejo | 2:0 | ||||
| Group A | 23/11/2016 | Universidad Cesar Vallejo | - | Defensor La Bocana | 1:1 | |
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| Group A | 27/11/2016 | Juan Aurich | - | Universidad Cesar Vallejo | 0:1 |
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