| 10. Round | 05/10/2012 | FK Dukla Praha | - | FC Hradec Králové | 1:0 | ||||
| 11. Round | 21/10/2012 | FC Hradec Králové | - | FK Teplice | 2:0 | ||||
| 12. Round | 27/10/2012 | 1. FC Slovácko | - | FC Hradec Králové | 1:1 | ||||
| 13. Round | 04/11/2012 | FC Hradec Králové | - | Dynamo České Budějovice | 0:1 | ||||
| 14. Round | 10/11/2012 | 1. FK Příbram | - | FC Hradec Králové | 0:0 |  |
|||
| 15. Round | 18/11/2012 | FC Hradec Králové | - | Slavia Praha | 3:2 |  |
|||
| 16. Round | 24/11/2012 | FK Baumit Jablonec | - | FC Hradec Králové | 3:2 | |
|
||
| 17. Round | 22/02/2013 | Vysočina Jihlava | - | FC Hradec Králové | 0:0 | ||||
| 18. Round | 03/03/2013 | FC Hradec Králové | - | Sigma Olomouc | 0:2 | |
|||
| 19. Round | 09/03/2013 | Baník Ostrava | - | FC Hradec Králové | 3:0 | ||||
| 20. Round | 17/03/2013 | FC Hradec Králové | - | AC Sparta Praha | 1:2 | ||||
| 28. Round | 21/05/2013 | FC Hradec Králové | - | 1. FK Příbram | 0:0 | ||||
| 29. Round | 26/05/2013 | Slavia Praha | - | FC Hradec Králové | 3:0 |
Bosnia-Herzegovina