| 17. Round | 19/02/2000 | NK Istra Pula | - | NK Varteks | 0:2 |  |
|||
| 18. Round | 26/02/2000 | NK Varteks | - | NK Vukovar 91 | 2:0 | ||||
| 19. Round | 29/02/2000 | NK Zagreb | - | NK Varteks | 1:0 |  |
|||
| 21. Round | 07/03/2000 | NK Osijek | - | NK Varteks | 1:1 | ||||
| 23. Round | 18/03/2000 | Croatia Zagreb | - | NK Varteks | 0:1 | |
|||
| 32. Round | 09/05/2000 | Hajduk Split | - | NK Varteks | 0:0 | ||||
| 33. Round | 13/05/2000 | NK Varteks | - | HNK Šibenik | 1:1 |
Albania