1. Round | 08/09/2016 | FK Vllaznia | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
2. Round | 12/09/2016 | FK Kukësi | - | KF Teuta Durrës | 3:0 | ||||
3. Round | 17/09/2016 | KF Tiranë | - | FK Kukësi | 2:2 | ||||
5. Round | 01/10/2016 | FK Kukësi | - | FK Partizani | 1:0 | ||||
6. Round | 12/10/2016 | Flamurtari Vlorë | - | FK Kukësi | 1:1 | ||||
8. Round | 22/10/2016 | KF Skënderbeu | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
9. Round | 29/10/2016 | FK Kukësi | - | Luftëtari Gjirokastër | 1:0 | ||||
16. Round | 14/12/2016 | KS Korabi Peshkopi | - | FK Kukësi | 1:1 | ||||
17. Round | 18/12/2016 | FK Kukësi | - | KF Skënderbeu | 2:0 | ||||
18. Round | 22/12/2016 | Luftëtari Gjirokastër | - | FK Kukësi | 2:2 | ||||
19. Round | 27/01/2017 | FK Vllaznia | - | FK Kukësi | 0:1 | ||||
30. Round | 23/04/2017 | FK Kukësi | - | KF Tiranë | 4:1 | ||||
31. Round | 29/04/2017 | FK Kukësi | - | KF Laçi | 2:1 | ||||
32. Round | 05/05/2017 | FK Partizani | - | FK Kukësi | 1:1 | ||||
33. Round | 10/05/2017 | FK Kukësi | - | Flamurtari Vlorë | 1:0 | ||||
34. Round | 15/05/2017 | KS Korabi Peshkopi | - | FK Kukësi | 1:3 | ||||
36. Round | 27/05/2017 | Luftëtari Gjirokastër | - | FK Kukësi | 1:0 |