| 3. Round | 13/08/2016 | PFC Beroe | - | FK Vereya | 1:0 | ||||
| 4. Round | 21/08/2016 | Neftochimik Burgas | - | PFC Beroe | 1:0 | ||||
| 5. Round | 26/08/2016 | PFC Beroe | - | Pirin Blagoevgrad | 1:0 | ||||
| 7. Round | 18/09/2016 | PFC Beroe | - | FC Dunav Ruse | 0:0 | ||||
| 16. Round | 01/12/2016 | FK Vereya | - | PFC Beroe | 1:0 | ||||
| 17. Round | 04/12/2016 | PFC Beroe | - | Neftochimik Burgas | 2:0 |  |
 |
||
| 18. Round | 12/12/2016 | Pirin Blagoevgrad | - | PFC Beroe | 1:1 | |
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| 19. Round | 15/12/2016 | PFC Beroe | - | Lokomotiv Gorna Oryahovitsa | 1:1 | |
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| 22. Round | 02/03/2017 | Cherno More Varna | - | PFC Beroe | 1:0 | ||||
| 23. Round | 06/03/2017 | Botev Plovdiv | - | PFC Beroe | 2:0 | |
|||
| 24. Round | 12/03/2017 | PFC Beroe | - | Levski Sofia | 1:0 |
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