| 1. Round | 26/01/2025 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 0:0 | ||||
| 2. Round | 02/02/2025 | Atlético Junior | - | Águilas Doradas | 2:2 | ||||
| 7. Round | 01/03/2025 | Atlético Bucaramanga | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 9. Round | 17/03/2025 | Llaneros FC | - | Atlético Junior | 0:1 | ||||
| 10. Round | 26/03/2025 | Atlético Junior | - | Unión Magdalena | 2:1 | ||||
| 11. Round | 01/04/2025 | La Equidad | - | Atlético Junior | 0:1 |  |
|||
| 12. Round | 07/04/2025 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 1:0 | ||||
| 13. Round | 13/04/2025 | Deportivo Pasto | - | Atlético Junior | 3:3 |  |
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| 14. Round | 16/04/2025 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 15. Round | 20/04/2025 | Atlético Junior | - | Alianza FC | 2:0 | ||||
| 16. Round | 27/04/2025 | Deportivo Pereira | - | Atlético Junior | 1:0 | ||||
| 18. Round | 11/05/2025 | Santa Fe | - | Atlético Junior | 2:1 | |
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| 19. Round | 17/05/2025 | Atlético Junior | - | Fortaleza FC | 2:1 | |
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| 20. Round | 25/05/2025 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 2:3 |
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