| 1. Round | 02/07/2016 | Alianza Petrolera | - | Atlético Nacional | 3:3 |  |
|||
| 4. Round | 17/07/2016 | Atlético Nacional | - | Deportes Tolima | 2:2 | ||||
| 5. Round | 24/07/2016 | Fortaleza FC | - | Atlético Nacional | 0:1 | |
|||
| 11. Round | 10/09/2016 | Atlético Bucaramanga | - | Atlético Nacional | 2:2 | |
|||
| 13. Round | 18/09/2016 | Envigado FC | - | Atlético Nacional | 0:0 | ||||
| 14. Round | 24/09/2016 | Atlético Nacional | - | Cortuluá | 1:1 | ||||
| 15. Round | 01/10/2016 | La Equidad | - | Atlético Nacional | 1:3 | ||||
| 3. Round | 09/10/2016 | Águilas Doradas | - | Atlético Nacional | 1:1 |
Colombia