| 2. Round | 09/07/2016 | Atlético Bucaramanga | - | Patriotas FC | 0:0 | ||||
| 3. Round | 14/07/2016 | Santa Fe | - | Atlético Bucaramanga | 1:0 | ||||
| 4. Round | 18/07/2016 | Atlético Bucaramanga | - | Deportivo Pasto | 2:1 | ||||
| 5. Round | 23/07/2016 | Alianza Petrolera | - | Atlético Bucaramanga | 0:1 |  |
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| 6. Round | 30/07/2016 | Atlético Bucaramanga | - | Jaguares de Córdoba | 1:0 | |
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| 7. Round | 06/08/2016 | Águilas Doradas | - | Atlético Bucaramanga | 2:3 |  |
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| 14. Round | 11/08/2016 | Millonarios | - | Atlético Bucaramanga | 0:3 dec. | ||||
| 8. Round | 14/08/2016 | Atlético Bucaramanga | - | Deportes Tolima | 0:1 | |
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| 9. Round | 21/08/2016 | Fortaleza FC | - | Atlético Bucaramanga | 1:2 | ||||
| 10. Round | 27/08/2016 | Atlético Bucaramanga | - | Alianza Petrolera | 2:2 | |
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| 1. Round | 04/09/2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Bucaramanga | 1:0 | ||||
| 11. Round | 10/09/2016 | Atlético Bucaramanga | - | Atlético Nacional | 2:2 | ||||
| 12. Round | 14/09/2016 | Once Caldas | - | Atlético Bucaramanga | 3:0 | |
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| 15. Round | 01/10/2016 | Deportivo Cali | - | Atlético Bucaramanga | 2:1 | ||||
| 19. Round | 05/11/2016 | La Equidad | - | Atlético Bucaramanga | 2:1 |
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