| 7. Round | 08/10/2006 | CD Alavés | - | UD Almería | 1:0 | ||||
| 8. Round | 15/10/2006 | Cádiz CF | - | CD Alavés | 1:1 | ||||
| 9. Round | 21/10/2006 | CD Alavés | - | CD Castellón | 2:0 | ||||
| 10. Round | 28/10/2006 | Hércules CF | - | CD Alavés | 3:1 | ||||
| 11. Round | 05/11/2006 | UD Salamanca | - | CD Alavés | 3:0 | ||||
| 12. Round | 12/11/2006 | CD Alavés | - | Albacete | 1:1 | ||||
| 13. Round | 19/11/2006 | CD Numancia | - | CD Alavés | 1:1 | ||||
| 14. Round | 25/11/2006 | CD Alavés | - | Sporting Gijón | 0:0 | ||||
| 16. Round | 09/12/2006 | CD Alavés | - | Ciudad de Murcia | 1:0 | ||||
| 17. Round | 16/12/2006 | Polideportivo Ejido | - | CD Alavés | 5:2 | ||||
| 18. Round | 21/12/2006 | CD Alavés | - | Xerez CD | 1:0 |  |
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| 19. Round | 07/01/2007 | Real Valladolid | - | CD Alavés | 1:0 |
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