| 5. Round | 10/03/2025 | Cienciano | - | Comerciantes Unidos | 3:2 | ||||
| 4. Round | 23/03/2025 | Los Chankas | - | Cienciano | 0:0 | ||||
| 7. Round | 05/04/2025 | Atlético Grau | - | Cienciano | 1:1 |  |
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| 8. Round | 13/04/2025 | Cienciano | - | Alianza Universidad | 0:1 | ||||
| 9. Round | 19/04/2025 | Sport Boys | - | Cienciano | 2:2 | ||||
| 11. Round | 03/05/2025 | Alianza Lima | - | Cienciano | 0:1 | ||||
| 13. Round | 19/05/2025 | Deportivo Binacional | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 14. Round | 25/05/2025 | Cienciano | - | Universidad Técnica | 6:1 |  |
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