1. Round | 04/07/2013 | FC Flora | - | FK Kukësi | 1:1 | ||||
1. Round | 11/07/2013 | FK Kukësi | - | FC Flora | 0:0 | ||||
2. Round | 18/07/2013 | FK Kukësi | - | FK Sarajevo | 3:2 | ||||
2. Round | 25/07/2013 | FK Sarajevo | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
3. Round | 01/08/2013 | FK Kukësi | - | Metalurh Donetsk | 2:0 | ||||
3. Round | 08/08/2013 | Metalurh Donetsk | - | FK Kukësi | 1:0 | ||||
Play-offs | 29/08/2013 | Trabzonspor | - | FK Kukësi | 3:1 |