| 1. Round | 31/01/2016 | Atlético Nacional | - | Alianza Petrolera | 3:1 |  |
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| 3. Round | 14/02/2016 | Atlético Nacional | - | Águilas Doradas | 1:0 | ||||
| 4. Round | 17/02/2016 | Deportes Tolima | - | Atlético Nacional | 2:0 | |
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| 7. Round | 28/02/2016 | Once Caldas | - | Atlético Nacional | 0:3 | ||||
| 8. Round | 05/03/2016 | Atlético Nacional | - | Boyacá Chicó | 2:0 | ||||
| 10. Round | 20/03/2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| 6. Round | 27/03/2016 | Atlético Nacional | - | Deportivo Cali | 2:1 | |
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| 9. Round | 01/04/2016 | Millonarios | - | Atlético Nacional | 2:1 | ||||
| 5. Round | 07/04/2016 | Atlético Nacional | - | Fortaleza FC | 4:1 | ||||
| 13. Round | 16/04/2016 | Atlético Nacional | - | Envigado FC | 3:2 | |
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| 16. Round | 01/05/2016 | Atlético Huila | - | Atlético Nacional | 0:1 | ||||
| 17. Round | 07/05/2016 | Atlético Nacional | - | Independiente Medellín | 1:2 | ||||
| 18. Round | 15/05/2016 | Patriotas FC | - | Atlético Nacional | 2:2 | |
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| 15. Round | 26/05/2016 | Atlético Nacional | - | La Equidad | 3:0 |
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