| 2. Round | 15/02/2025 | Universidad Técnica | - | Deportivo Binacional | 0:4 | ||||
| 3. Round | 24/02/2025 | Deportivo Binacional | - | Cusco FC | 1:2 | ||||
| 4. Round | 01/03/2025 | Alianza Atlético | - | Deportivo Binacional | 4:1 | ||||
| 5. Round | 10/03/2025 | Deportivo Binacional | - | Juan Pablo II College | 2:0 |  |
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| 6. Round | 29/03/2025 | Sporting Cristal | - | Deportivo Binacional | 5:0 |  |
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| 7. Round | 04/04/2025 | Deportivo Binacional | - | Ayacucho FC | 1:1 |  |
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| 9. Round | 18/04/2025 | Deportivo Binacional | - | Universitario de Deportes | 1:3 | ||||
| 10. Round | 27/04/2025 | Deportivo Garcilaso | - | Deportivo Binacional | 0:1 | ||||
| 11. Round | 05/05/2025 | Deportivo Binacional | - | Los Chankas | 1:2 | ||||
| 15. Round | 15/06/2025 | Deportivo Binacional | - | Alianza Universidad | 1:1 |
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