| 1. Round | 03/07/2016 | Santa Fe | - | Boyacá Chicó | 1:0 | ||||
| 2. Round | 09/07/2016 | Millonarios | - | Santa Fe | 1:0 | ||||
| 3. Round | 14/07/2016 | Santa Fe | - | Atlético Bucaramanga | 1:0 |  |
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| 5. Round | 25/07/2016 | Santa Fe | - | Envigado FC | 2:0 | ||||
| 6. Round | 01/08/2016 | Cortuluá | - | Santa Fe | 0:1 | ||||
| 9. Round | 21/08/2016 | Santa Fe | - | Independiente Medellín | 1:1 |  |
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| 10. Round | 29/08/2016 | Santa Fe | - | Millonarios | 1:2 | ||||
| 11. Round | 12/09/2016 | Patriotas FC | - | Santa Fe | 2:0 | ||||
| 12. Round | 16/09/2016 | Santa Fe | - | Deportivo Cali | 2:2 | |
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| 16. Round | 16/10/2016 | Águilas Doradas | - | Santa Fe | 0:4 | |
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| 17. Round | 23/10/2016 | Santa Fe | - | Deportes Tolima | 1:1 | ||||
| 18. Round | 29/10/2016 | Fortaleza FC | - | Santa Fe | 1:1 | |
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| 19. Round | 07/11/2016 | Santa Fe | - | Atlético Nacional | 0:0 | ||||
| 20. Round | 20/11/2016 | Once Caldas | - | Santa Fe | 1:2 | |
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