| 20. Round | 24/11/2012 | Stevenage FC | - | Tranmere Rovers | 1:1 | ||||
| 21. Round | 08/12/2012 | Tranmere Rovers | - | Portsmouth FC | 2:2 | ||||
| 22. Round | 15/12/2012 | Sheffield United | - | Tranmere Rovers | 0:0 | ||||
| 23. Round | 21/12/2012 | Swindon Town | - | Tranmere Rovers | 5:0 | ||||
| 34. Round | 23/02/2013 | Colchester United | - | Tranmere Rovers | 1:5 | ||||
| 35. Round | 26/02/2013 | Tranmere Rovers | - | Notts County | 1:1 | ||||
| 36. Round | 02/03/2013 | Yeovil Town | - | Tranmere Rovers | 1:0 |  |
|||
| 37. Round | 09/03/2013 | Tranmere Rovers | - | Oldham Athletic | 1:0 | |
|||
| 38. Round | 12/03/2013 | Walsall FC | - | Tranmere Rovers | 2:0 | ||||
| 43. Round | 06/04/2013 | Doncaster Rovers | - | Tranmere Rovers | 1:0 |
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