| 19. Round | 19/02/2017 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 2:0 | ||||
| 20. Round | 26/02/2017 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 3:1 |  |
|||
| 21. Round | 05/03/2017 | KF Shkëndija 79 | - | KF Shkupi | 0:0 | ||||
| 22. Round | 12/03/2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pobeda Junior | 4:0 | ||||
| 23. Round | 18/03/2017 | FK Bregalnica Štip | - | KF Shkëndija 79 | 1:3 |  |
|||
| 26. Round | 09/04/2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Renova | 1:1 | ||||
| 27. Round | 15/04/2017 | FK Pelister | - | KF Shkëndija 79 | 0:1 | |
|||
| 28. Round | 23/04/2017 | Sileks Kratovo | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | ||||
| 29. Round | 26/04/2017 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 3:1 | ||||
| 30. Round | 30/04/2017 | KF Shkupi | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | ||||
| 31. Round | 03/05/2017 | FK Pobeda Junior | - | KF Shkëndija 79 | 1:0 | ||||
| 33. Round | 14/05/2017 | Makedonija GP | - | KF Shkëndija 79 | 2:3 | |
|||
| 35. Round | 28/05/2017 | FK Renova | - | KF Shkëndija 79 | 4:4 |
Croatia