| 23. Round | 08/03/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | TSV 1860 München | 2:3 | ||||
| 24. Round | 15/03/2009 | Hansa Rostock | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 25. Round | 22/03/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | MSV Duisburg | 0:0 | ||||
| 27. Round | 09/04/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | ||||
| 28. Round | 19/04/2009 | SC Freiburg | - | FC Ingolstadt 04 | 3:2 | ||||
| 31. Round | 10/05/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | Rot Weiss Ahlen | 0:2 |
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