| 1. Round | 08/02/2009 | La Equidad | - | Atlético Nacional | 1:0 | ||||
| 5. Round | 01/03/2009 | Deportes Tolima | - | Atlético Nacional | 2:1 | ||||
| 6. Round | 08/03/2009 | Atlético Nacional | - | Millonarios | 1:0 | ||||
| 7. Round | 15/03/2009 | Cúcuta Deportivo | - | Atlético Nacional | 2:2 |  |
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| 8. Round | 19/03/2009 | Atlético Huila | - | Atlético Nacional | 3:3 | |
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| 9. Round | 22/03/2009 | Atlético Nacional | - | Independiente Medellín | 0:0 | ||||
| 10. Round | 05/04/2009 | Atlético Nacional | - | Once Caldas | 0:2 | ||||
| 11. Round | 12/04/2009 | Deportivo Pasto | - | Atlético Nacional | 1:1 |  |
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| 12. Round | 19/04/2009 | Atlético Nacional | - | Deportivo Cali | 1:2 |  |
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| 13. Round | 26/04/2009 | Real Cartagena | - | Atlético Nacional | 1:0 | ||||
| 15. Round | 03/05/2009 | Santa Fe | - | Atlético Nacional | 1:1 | |
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| 16. Round | 10/05/2009 | Atlético Nacional | - | Envigado FC | 1:1 | ||||
| 17. Round | 14/05/2009 | Independiente Medellín | - | Atlético Nacional | 1:2 | |
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| 18. Round | 17/05/2009 | Atlético Nacional | - | Deportivo Pereira | 1:1 |
Colombia