| 1. Round | 31/01/2016 | Atlético Junior | - | Atlético Huila | 1:0 | ||||
| 2. Round | 06/02/2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Junior | 0:1 |  |
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| 3. Round | 14/02/2016 | Atlético Junior | - | Patriotas FC | 1:0 | ||||
| 5. Round | 21/02/2016 | Atlético Junior | - | Deportivo Pasto | 2:2 | |
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| 6. Round | 26/02/2016 | Alianza Petrolera | - | Atlético Junior | 1:2 |  |
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| 7. Round | 28/02/2016 | Atlético Junior | - | Jaguares de Córdoba | 1:0 | ||||
| 8. Round | 06/03/2016 | Águilas Doradas | - | Atlético Junior | 2:1 | ||||
| 9. Round | 14/03/2016 | Atlético Junior | - | Deportes Tolima | 2:1 | ||||
| 10. Round | 19/03/2016 | Jaguares de Córdoba | - | Atlético Junior | 0:2 | |
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| 12. Round | 09/04/2016 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 3:3 | ||||
| 13. Round | 17/04/2016 | Once Caldas | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 14. Round | 23/04/2016 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 1:1 | |
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| 16. Round | 01/05/2016 | Atlético Junior | - | Atlético Bucaramanga | 1:1 | |
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| 20. Round | 29/05/2016 | La Equidad | - | Atlético Junior | 0:0 |
Colombia
Panama