| 1. Round | 17/07/2016 | CF América | - | Chiapas FC | 2:0 | ||||
| 2. Round | 23/07/2016 | Chiapas FC | - | CF Pachuca | 0:2 | ||||
| 4. Round | 07/08/2016 | UANL Tigres | - | Chiapas FC | 1:0 | ||||
| 6. Round | 21/08/2016 | Monarcas Morelia | - | Chiapas FC | 3:2 | ||||
| 7. Round | 28/08/2016 | Chiapas FC | - | Puebla FC | 0:3 | ||||
| 8. Round | 11/09/2016 | Deportivo Guadalajara | - | Chiapas FC | 2:0 | ||||
| 9. Round | 18/09/2016 | Chiapas FC | - | Cruz Azul | 0:3 | ||||
| 10. Round | 22/09/2016 | Club León | - | Chiapas FC | 0:0 | ||||
| 11. Round | 24/09/2016 | Chiapas FC | - | Club Necaxa | 2:2 |  |
|||
| 12. Round | 02/10/2016 | Pumas UNAM | - | Chiapas FC | 1:0 | ||||
| 13. Round | 15/10/2016 | Chiapas FC | - | CF Monterrey | 1:4 | ||||
| 14. Round | 22/10/2016 | Club Tijuana | - | Chiapas FC | 2:0 | ||||
| 15. Round | 29/10/2016 | Chiapas FC | - | Gallos Blancos | 1:2 |
Mexico