| 1. Round | 27/01/2025 | Alianza FC | - | Independiente Medellín | 1:1 | ||||
| 2. Round | 02/02/2025 | Independiente Medellín | - | Boyacá Chicó | 3:0 | ||||
| 3. Round | 09/02/2025 | Envigado FC | - | Independiente Medellín | 0:1 |  |
|||
| 5. Round | 16/02/2025 | Millonarios | - | Independiente Medellín | 0:1 | ||||
| 6. Round | 28/02/2025 | Independiente Medellín | - | Llaneros FC | 3:0 | ||||
| 12. Round | 07/04/2025 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 1:0 | ||||
| 14. Round | 15/04/2025 | Santa Fe | - | Independiente Medellín | 1:2 | ||||
| 15. Round | 20/04/2025 | Independiente Medellín | - | Once Caldas | 2:0 | ||||
| 16. Round | 27/04/2025 | Fortaleza FC | - | Independiente Medellín | 0:0 | ||||
| 17. Round | 04/05/2025 | Independiente Medellín | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| 18. Round | 10/05/2025 | Atlético Bucaramanga | - | Independiente Medellín | 2:0 |  |
|||
| 13. Round | 16/05/2025 | Independiente Medellín | - | Deportes Tolima | 0:1 | ||||
| 19. Round | 20/05/2025 | Independiente Medellín | - | Deportivo Pereira | 2:0 | ||||
| 20. Round | 25/05/2025 | América de Cali | - | Independiente Medellín | 2:0 | |
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