| 2. Round | 09/07/2016 | Fortaleza FC | - | Águilas Doradas | 2:1 | ||||
| 4. Round | 16/07/2016 | Once Caldas | - | Águilas Doradas | 1:2 | ||||
| 5. Round | 23/07/2016 | Águilas Doradas | - | Boyacá Chicó | 2:1 | ||||
| 6. Round | 30/07/2016 | Millonarios | - | Águilas Doradas | 0:0 | ||||
| 7. Round | 06/08/2016 | Águilas Doradas | - | Atlético Bucaramanga | 2:3 | ||||
| 9. Round | 21/08/2016 | Águilas Doradas | - | Envigado FC | 1:4 | ||||
| 12. Round | 15/09/2016 | Águilas Doradas | - | La Equidad | 4:0 | ||||
| 3. Round | 09/10/2016 | Águilas Doradas | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| 19. Round | 06/11/2016 | Jaguares de Córdoba | - | Águilas Doradas | 1:0 |
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