| 2. Round | 19/07/2009 | Atlético Junior | - | Cúcuta Deportivo | 1:0 | ||||
| 3. Round | 26/07/2009 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 2:1 | ||||
| 4. Round | 02/08/2009 | Atlético Junior | - | Once Caldas | 4:2 | ||||
| 5. Round | 09/08/2009 | Deportivo Pasto | - | Atlético Junior | 1:0 | ||||
| 6. Round | 16/08/2009 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 5:2 |  |
|||
| 7. Round | 23/08/2009 | Real Cartagena | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 10. Round | 20/09/2009 | Santa Fe | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 13. Round | 18/10/2009 | Atlético Junior | - | Deportivo Pereira | 1:1 | ||||
| 14. Round | 21/10/2009 | La Equidad | - | Atlético Junior | 1:0 | ||||
| 15. Round | 25/10/2009 | Atlético Junior | - | América de Cali | 3:0 | ||||
| 16. Round | 01/11/2009 | Atlético Huila | - | Atlético Junior | 2:1 | ||||
| 17. Round | 08/11/2009 | Deportes Quindío | - | Atlético Junior | 1:0 |  |
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