| Group B | 13/09/2009 | FBC Melgar | - | Cienciano | 0:0 |  |
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| Group B | 17/09/2009 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 1:1 | ||||
| Group B | 20/09/2009 | Sport Huancayo | - | Cienciano | 3:2 | ||||
| Group B | 28/09/2009 | Total Chalaco | - | Cienciano | 4:0 | ||||
| Group B | 05/10/2009 | Cienciano | - | Alianza Atlético | 1:0 | ||||
| Group B | 18/10/2009 | Universidad San Martín | - | Cienciano | 5:0 | ||||
| Group B | 25/10/2009 | Cienciano | - | Coronel Bolognesi | 2:0 | ||||
| Group B | 01/11/2009 | Cienciano | - | FBC Melgar | 1:4 | ||||
| Group B | 04/11/2009 | Universitario de Deportes | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| Group B | 08/11/2009 | Cienciano | - | Sport Huancayo | 3:0 | ||||
| Group B | 15/11/2009 | Cienciano | - | Total Chalaco | 4:1 | |
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| Group B | 21/11/2009 | Alianza Atlético | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| Group B | 29/11/2009 | Cienciano | - | Universidad San Martín | 1:1 | ||||
| Group B | 05/12/2009 | Coronel Bolognesi | - | Cienciano | 2:2 |
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