| 5. Round | 26/02/2024 | Los Chankas | - | Cienciano | 1:2 | ||||
| 6. Round | 04/03/2024 | Cienciano | - | Mannucci | 2:2 | ||||
| 7. Round | 09/03/2024 | Atlético Grau | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 9. Round | 30/03/2024 | FBC Melgar | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 10. Round | 07/04/2024 | Cienciano | - | Universidad Técnica | 1:1 | ||||
| 11. Round | 12/04/2024 | Sport Huancayo | - | Cienciano | 1:2 | ||||
| 12. Round | 20/04/2024 | Cienciano | - | Deportivo Garcilaso | 0:2 | ||||
| 13. Round | 27/04/2024 | Cusco FC | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 14. Round | 04/05/2024 | Cienciano | - | Universidad Cesar Vallejo | 1:1 | ||||
| 15. Round | 13/05/2024 | Alianza Atlético | - | Cienciano | 0:1 | ||||
| 16. Round | 21/05/2024 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 0:0 | ||||
| 17. Round | 27/05/2024 | Unión Comercio | - | Cienciano | 1:1 |
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