| 5. Round | 24/07/2016 | Independiente Medellín | - | La Equidad | 1:0 | ||||
| 6. Round | 01/08/2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Huila | 2:1 | ||||
| 7. Round | 07/08/2016 | Deportivo Cali | - | Independiente Medellín | 1:2 | ||||
| 8. Round | 13/08/2016 | Independiente Medellín | - | Patriotas FC | 3:0 | ||||
| 9. Round | 21/08/2016 | Santa Fe | - | Independiente Medellín | 1:1 |  |
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| 10. Round | 28/08/2016 | Atlético Nacional | - | Independiente Medellín | 1:0 | |
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| 1. Round | 04/09/2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Bucaramanga | 1:0 | |
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| 11. Round | 10/09/2016 | Independiente Medellín | - | Deportivo Pasto | 2:0 | ||||
| 13. Round | 18/09/2016 | Independiente Medellín | - | Jaguares de Córdoba | 1:1 | ||||
| 14. Round | 24/09/2016 | Águilas Doradas | - | Independiente Medellín | 2:2 | ||||
| 17. Round | 23/10/2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Nacional | 2:2 | ||||
| 18. Round | 30/10/2016 | Once Caldas | - | Independiente Medellín | 1:2 | ||||
| 19. Round | 06/11/2016 | Independiente Medellín | - | Boyacá Chicó | 3:2 | |
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