| 1. Round | 05/02/2016 | Universidad Técnica | - | FBC Melgar | 1:3 | ||||
| 3. Round | 13/02/2016 | Ayacucho FC | - | FBC Melgar | 0:3 |  |
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| 4. Round | 21/02/2016 | FBC Melgar | - | Juan Aurich | 2:3 | |
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| 6. Round | 27/02/2016 | FBC Melgar | - | Defensor La Bocana | 2:2 | |
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| 7. Round | 06/03/2016 | Sport Huancayo | - | FBC Melgar | 0:0 | ||||
| 8. Round | 09/03/2016 | Universidad San Martín | - | FBC Melgar | 2:1 | ||||
| 9. Round | 12/03/2016 | FBC Melgar | - | Deportivo Municipal | 1:1 | ||||
| 10. Round | 01/04/2016 | Comerciantes Unidos | - | FBC Melgar | 2:0 | ||||
| 11. Round | 19/04/2016 | FBC Melgar | - | Real Garcilaso | 3:1 | ||||
| 12. Round | 23/04/2016 | Alianza Atlético | - | FBC Melgar | 1:0 | ||||
| 13. Round | 27/04/2016 | FBC Melgar | - | Alianza Lima | 1:0 |  |
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| 14. Round | 02/05/2016 | Universidad Cesar Vallejo | - | FBC Melgar | 1:2 | ||||
| 15. Round | 09/05/2016 | FBC Melgar | - | Unión Comercio | 2:1 |
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