| 1. Round | 26/01/2025 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 0:0 | ||||
| 2. Round | 02/02/2025 | Atlético Junior | - | Águilas Doradas | 2:2 | ||||
| 3. Round | 08/02/2025 | Unión Magdalena | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 4. Round | 13/02/2025 | Atlético Junior | - | Once Caldas | 2:0 | ||||
| 5. Round | 19/02/2025 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 0:2 |  |
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| 6. Round | 25/02/2025 | Atlético Junior | - | Envigado FC | 1:2 | |
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| 7. Round | 01/03/2025 | Atlético Bucaramanga | - | Atlético Junior | 1:1 | |
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| 13. Round | 13/04/2025 | Deportivo Pasto | - | Atlético Junior | 3:3 | ||||
| 14. Round | 16/04/2025 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 16. Round | 27/04/2025 | Deportivo Pereira | - | Atlético Junior | 1:0 | ||||
| 18. Round | 11/05/2025 | Santa Fe | - | Atlético Junior | 2:1 | |
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| 20. Round | 25/05/2025 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 2:3 |
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