| 2. Round | 15/02/2009 | Boyacá Chicó | - | Santa Fe | 1:0 | ||||
| 3. Round | 19/02/2009 | Santa Fe | - | Atlético Huila | 3:1 | ||||
| 4. Round | 22/02/2009 | Santa Fe | - | Envigado FC | 1:1 | ||||
| 10. Round | 05/04/2009 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 3:1 | ||||
| 11. Round | 12/04/2009 | Santa Fe | - | Deportes Quindío | 2:3 | ||||
| 12. Round | 19/04/2009 | Deportes Tolima | - | Santa Fe | 2:0 | ||||
| 14. Round | 30/04/2009 | Cúcuta Deportivo | - | Santa Fe | 2:1 | ||||
| 16. Round | 10/05/2009 | Once Caldas | - | Santa Fe | 3:0 | ||||
| 17. Round | 14/05/2009 | Santa Fe | - | Deportivo Pasto | 1:0 | ||||
| 18. Round | 17/05/2009 | Deportivo Cali | - | Santa Fe | 2:2 |
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