| 1. Round | 25/07/2009 | NK Međimurje | - | NK Karlovac | 1:1 |  |
|||
| 2. Round | 01/08/2009 | Dinamo Zagreb | - | NK Međimurje | 4:0 | ||||
| 3. Round | 08/08/2009 | NK Međimurje | - | NK Istra 1961 | 4:2 | ||||
| 4. Round | 15/08/2009 | NK Međimurje | - | NK Croatia Sesvete | 2:1 |  |
 |
||
| 9. Round | 26/09/2009 | HNK Rijeka | - | NK Međimurje | 4:0 | ||||
| 10. Round | 02/10/2009 | NK Međimurje | - | Lokomotiva Zagreb | 0:3 | ||||
| 12. Round | 24/10/2009 | NK Međimurje | - | NK Zagreb | 4:2 | |
|||
| 14. Round | 07/11/2009 | NK Međimurje | - | Hajduk Split | 1:1 | ||||
| 15. Round | 21/11/2009 | HNK Šibenik | - | NK Međimurje | 1:0 | ||||
| 16. Round | 28/11/2009 | NK Karlovac | - | NK Međimurje | 2:0 | ||||
| 18. Round | 27/02/2010 | NK Istra 1961 | - | NK Međimurje | 1:2 | ||||
| 19. Round | 06/03/2010 | NK Croatia Sesvete | - | NK Međimurje | 2:1 | ||||
| 20. Round | 13/03/2010 | NK Međimurje | - | NK Osijek | 1:1 | ||||
| 22. Round | 27/03/2010 | NK Međimurje | - | Slaven Belupo | 1:1 | ||||
| 23. Round | 02/04/2010 | NK Inter Zaprešić | - | NK Međimurje | 2:1 | ||||
| 28. Round | 01/05/2010 | NK Međimurje | - | HNK Cibalia | 0:2 | ||||
| 29. Round | 08/05/2010 | Hajduk Split | - | NK Međimurje | 4:1 | |
Croatia