| 1. Round | 28/01/2024 | Cienciano | - | Comerciantes Unidos | 1:0 |  |
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| 2. Round | 03/02/2024 | AD Tarma | - | Cienciano | 1:1 | |
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| 3. Round | 10/02/2024 | Cienciano | - | Sporting Cristal | 2:2 |  |
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| 4. Round | 18/02/2024 | Cienciano | - | Sport Boys | 3:2 | ||||
| 5. Round | 26/02/2024 | Los Chankas | - | Cienciano | 1:2 | ||||
| 6. Round | 04/03/2024 | Cienciano | - | Mannucci | 2:2 | ||||
| 7. Round | 09/03/2024 | Atlético Grau | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 8. Round | 13/03/2024 | Cienciano | - | Alianza Lima | 2:1 | ||||
| 9. Round | 30/03/2024 | FBC Melgar | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 10. Round | 07/04/2024 | Cienciano | - | Universidad Técnica | 1:1 | |
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| 11. Round | 12/04/2024 | Sport Huancayo | - | Cienciano | 1:2 | |
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| 13. Round | 27/04/2024 | Cusco FC | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 14. Round | 04/05/2024 | Cienciano | - | Universidad Cesar Vallejo | 1:1 | |
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| 15. Round | 13/05/2024 | Alianza Atlético | - | Cienciano | 0:1 | |
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| 17. Round | 27/05/2024 | Unión Comercio | - | Cienciano | 1:1 |
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