| 2. Round | 04/09/2016 | Boca Unidos | - | Ferro Carril Oeste | 1:3 |  |
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| 3. Round | 10/09/2016 | Almagro | - | Boca Unidos | 0:0 | |
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| 4. Round | 17/09/2016 | Boca Unidos | - | Central Córdoba SdE | 2:0 | |
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| 8. Round | 08/10/2016 | Flandria | - | Boca Unidos | 0:0 | ||||
| 9. Round | 13/10/2016 | Boca Unidos | - | Juventud Unida de Gualeguaychú | 1:3 | ||||
| 10. Round | 17/10/2016 | CA Los Andes | - | Boca Unidos | 2:1 | ||||
| 11. Round | 23/10/2016 | Boca Unidos | - | Gimnasia de Jujuy | 1:1 | ||||
| 18. Round | 05/12/2016 | Estudiantes de San Luis | - | Boca Unidos | 1:1 |
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