| 3. Round | 13/07/2016 | Atlético Huila | - | Cortuluá | 2:1 |  |
|||
| 4. Round | 16/07/2016 | Cortuluá | - | Independiente Medellín | 3:4 | ||||
| 5. Round | 23/07/2016 | Patriotas FC | - | Cortuluá | 4:1 | ||||
| 6. Round | 01/08/2016 | Cortuluá | - | Santa Fe | 0:1 | ||||
| 8. Round | 13/08/2016 | Cortuluá | - | Alianza Petrolera | 1:0 | ||||
| 9. Round | 20/08/2016 | Jaguares de Córdoba | - | Cortuluá | 1:1 | ||||
| 10. Round | 27/08/2016 | Cortuluá | - | Deportivo Cali | 1:1 | ||||
| 11. Round | 10/09/2016 | Cortuluá | - | Águilas Doradas | 0:1 | ||||
| 13. Round | 17/09/2016 | Cortuluá | - | Fortaleza FC | 2:2 | ||||
| 14. Round | 24/09/2016 | Atlético Nacional | - | Cortuluá | 1:1 | ||||
| 16. Round | 15/10/2016 | Boyacá Chicó | - | Cortuluá | 3:1 | ||||
| 17. Round | 24/10/2016 | Cortuluá | - | Millonarios | 2:3 | ||||
| 18. Round | 29/10/2016 | Atlético Bucaramanga | - | Cortuluá | 3:1 | ||||
| 20. Round | 20/11/2016 | Envigado FC | - | Cortuluá | 1:0 |
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