| 1. Round | 03/07/2016 | Santa Fe | - | Boyacá Chicó | 1:0 | ||||
| 9. Round | 20/08/2016 | Boyacá Chicó | - | Once Caldas | 2:1 |  |
 |
||
| 3. Round | 25/08/2016 | Alianza Petrolera | - | Boyacá Chicó | 1:0 | ||||
| 10. Round | 27/08/2016 | Patriotas FC | - | Boyacá Chicó | 1:0 | |
|||
| 11. Round | 11/09/2016 | Deportivo Cali | - | Boyacá Chicó | 2:0 | |
|||
| 12. Round | 15/09/2016 | Boyacá Chicó | - | Millonarios | 0:1 | |
|||
| 13. Round | 17/09/2016 | Atlético Bucaramanga | - | Boyacá Chicó | 2:0 | ||||
| 14. Round | 26/09/2016 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 16. Round | 15/10/2016 | Boyacá Chicó | - | Cortuluá | 3:1 | ||||
| 17. Round | 22/10/2016 | La Equidad | - | Boyacá Chicó | 1:2 |  |
Colombia