| Group B | 21/08/2016 | Universitario de Deportes | - | Alianza Atlético | 4:0 | ||||
| Group B | 29/08/2016 | Alianza Atlético | - | Sport Huancayo | 3:1 | ||||
| Group B | 11/09/2016 | Ayacucho FC | - | Alianza Atlético | 5:2 |  |
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| Group B | 18/09/2016 | Alianza Atlético | - | Universidad San Martín | 2:3 |  |
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| Group B | 25/09/2016 | Alianza Lima | - | Alianza Atlético | 0:0 | ||||
| Group B | 27/09/2016 | Universidad Técnica | - | Alianza Atlético | 4:0 | ||||
| Group B | 16/10/2016 | Alianza Atlético | - | Comerciantes Unidos | 1:0 |  |
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| Group B | 23/10/2016 | Sport Huancayo | - | Alianza Atlético | 3:1 | ||||
| Group B | 29/10/2016 | Alianza Atlético | - | Ayacucho FC | 1:1 | ||||
| Group B | 02/11/2016 | Universidad San Martín | - | Alianza Atlético | 3:1 |
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