| 1. Round | 02/07/2016 | Deportivo Cali | - | Cortuluá | 3:1 | ||||
| 2. Round | 09/07/2016 | Cortuluá | - | La Equidad | 2:0 |  |
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| 3. Round | 13/07/2016 | Atlético Huila | - | Cortuluá | 2:1 | |
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| 5. Round | 23/07/2016 | Patriotas FC | - | Cortuluá | 4:1 | ||||
| 7. Round | 07/08/2016 | Deportivo Pasto | - | Cortuluá | 1:0 | ||||
| 8. Round | 13/08/2016 | Cortuluá | - | Alianza Petrolera | 1:0 | |
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| 9. Round | 20/08/2016 | Jaguares de Córdoba | - | Cortuluá | 1:1 | ||||
| 12. Round | 14/09/2016 | Deportes Tolima | - | Cortuluá | 0:2 |  |
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| 14. Round | 24/09/2016 | Atlético Nacional | - | Cortuluá | 1:1 | ||||
| 16. Round | 15/10/2016 | Boyacá Chicó | - | Cortuluá | 3:1 | |
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| 17. Round | 24/10/2016 | Cortuluá | - | Millonarios | 2:3 |
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