| 9. Round | 13/04/2013 | Real Garcilaso | - | FBC Melgar | 1:1 |  |
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| 10. Round | 21/04/2013 | FBC Melgar | - | Sporting Cristal | 3:0 | ||||
| 11. Round | 25/04/2013 | Universitario de Deportes | - | FBC Melgar | 3:0 | ||||
| 12. Round | 28/04/2013 | FBC Melgar | - | José Gálvez | 1:0 | ||||
| 13. Round | 02/05/2013 | Universidad Cesar Vallejo | - | FBC Melgar | 4:3 | ||||
| 14. Round | 05/05/2013 | FBC Melgar | - | Universidad San Martín | 1:0 | ||||
| 15. Round | 13/05/2013 | Sport Huancayo | - | FBC Melgar | 2:2 | ||||
| 16. Round | 19/05/2013 | Cienciano | - | FBC Melgar | 0:0 | ||||
| 17. Round | 26/05/2013 | FBC Melgar | - | Juan Aurich | 2:0 | ||||
| 18. Round | 04/06/2013 | Alianza Lima | - | FBC Melgar | 1:0 | ||||
| 22. Round | 30/06/2013 | Pacífico FC | - | FBC Melgar | 0:0 | ||||
| 23. Round | 07/07/2013 | Unión Comercio | - | FBC Melgar | 1:0 | ||||
| 24. Round | 10/07/2013 | FBC Melgar | - | Real Garcilaso | 0:2 | ||||
| 25. Round | 14/07/2013 | Sporting Cristal | - | FBC Melgar | 0:0 | ||||
| 27. Round | 04/08/2013 | José Gálvez | - | FBC Melgar | 1:2 | ||||
| 28. Round | 10/08/2013 | FBC Melgar | - | Universidad Cesar Vallejo | 2:2 | ||||
| 29. Round | 18/08/2013 | Universidad San Martín | - | FBC Melgar | 1:1 |  |
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