| 5. Round | 21/02/2016 | Atlético Junior | - | Deportivo Pasto | 2:2 | ||||
| 14. Round | 23/04/2016 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 1:1 |  |
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| 15. Round | 28/04/2016 | Millonarios | - | Atlético Junior | 3:1 | ||||
| 16. Round | 01/05/2016 | Atlético Junior | - | Atlético Bucaramanga | 1:1 | ||||
| 17. Round | 08/05/2016 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 2:0 | |
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| 20. Round | 29/05/2016 | La Equidad | - | Atlético Junior | 0:0 |
Colombia