| 1. Round | 19/01/2025 | Real España | - | Deportivo Génesis | 1:1 | ||||
| 2. Round | 25/01/2025 | Deportivo Génesis | - | Lobos UPNFM | 4:0 |  |
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| 3. Round | 30/01/2025 | Victoria | - | Deportivo Génesis | 1:0 | ||||
| 4. Round | 03/02/2025 | Deportivo Génesis | - | Motagua | 1:1 |  |
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| 7. Round | 18/02/2025 | Deportivo Génesis | - | Marathón | 1:1 | |
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| 8. Round | 23/02/2025 | Juticalpa | - | Deportivo Génesis | 0:1 | ||||
| 9. Round | 02/03/2025 | Deportivo Génesis | - | Olimpia | 1:1 |  |
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| 10. Round | 06/03/2025 | Deportivo Génesis | - | Real España | 2:0 | ||||
| 11. Round | 12/03/2025 | Lobos UPNFM | - | Deportivo Génesis | 1:1 | |
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| 12. Round | 30/03/2025 | Deportivo Génesis | - | Victoria | 3:3 | ||||
| 13. Round | 03/04/2025 | Motagua | - | Deportivo Génesis | 4:1 | |
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| 14. Round | 06/04/2025 | Deportivo Génesis | - | Olancho FC | 3:3 | |
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| 15. Round | 13/04/2025 | Real Sociedad | - | Deportivo Génesis | 1:0 | ||||
| 17. Round | 27/04/2025 | Deportivo Génesis | - | Juticalpa | 1:0 | ||||
| 18. Round | 04/05/2025 | Olimpia | - | Deportivo Génesis | 4:0 |
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