| 1. Round | 02/02/2013 | Patriotas FC | - | Boyacá Chicó | 1:1 |  |
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| 2. Round | 09/02/2013 | Boyacá Chicó | - | Deportivo Cali | 1:2 | ||||
| 3. Round | 16/02/2013 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 2:2 | |
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| 7. Round | 17/03/2013 | Independiente Medellín | - | Boyacá Chicó | 3:1 | ||||
| 9. Round | 06/04/2013 | Boyacá Chicó | - | Patriotas FC | 0:0 | ||||
| 10. Round | 14/04/2013 | Once Caldas | - | Boyacá Chicó | 2:2 | ||||
| 11. Round | 17/04/2013 | Alianza Petrolera | - | Boyacá Chicó | 3:1 | ||||
| 13. Round | 28/04/2013 | Cúcuta Deportivo | - | Boyacá Chicó | 0:1 | ||||
| 14. Round | 05/05/2013 | Boyacá Chicó | - | Atlético Huila | 2:1 | ||||
| 15. Round | 11/05/2013 | Santa Fe | - | Boyacá Chicó | 4:3 |  |
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| 16. Round | 18/05/2013 | Boyacá Chicó | - | Atlético Nacional | 2:3 | |
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| 17. Round | 25/05/2013 | Itagüi Ditaires | - | Boyacá Chicó | 3:0 | ||||
| 18. Round | 01/06/2013 | Boyacá Chicó | - | Deportes Quindío | 1:1 |
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