| 1. Round | 29/01/2012 | Atlético Junior | - | Deportes Quindío | 1:1 | ||||
| 2. Round | 05/02/2012 | Real Cartagena | - | Atlético Junior | 2:1 |  |
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| 3. Round | 12/02/2012 | Deportivo Pasto | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 4. Round | 18/02/2012 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 1:0 | ||||
| 6. Round | 03/03/2012 | Atlético Junior | - | Itagüi Ditaires | 2:1 | ||||
| 11. Round | 08/04/2012 | Atlético Junior | - | Millonarios | 1:3 | ||||
| 12. Round | 15/04/2012 | Atlético Huila | - | Atlético Junior | 1:3 | |
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| 14. Round | 28/04/2012 | La Equidad | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 15. Round | 06/05/2012 | Atlético Junior | - | Cúcuta Deportivo | 4:0 |  |
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| 17. Round | 21/05/2012 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 1:0 |
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