| 2. Round | 01/09/2011 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 5. Round | 15/09/2011 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| 6. Round | 17/09/2011 | Envigado FC | - | Atlético Junior | 2:0 | ||||
| 7. Round | 23/09/2011 | Atlético Junior | - | La Equidad | 3:0 | ||||
| 8. Round | 25/09/2011 | América de Cali | - | Atlético Junior | 0:1 |  |
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| 9. Round | 29/09/2011 | Real Cartagena | - | Atlético Junior | 1:1 | |
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| 10. Round | 02/10/2011 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 3:3 | ||||
| 11. Round | 16/10/2011 | Atlético Junior | - | Itagüi Ditaires | 0:0 | ||||
| 12. Round | 23/10/2011 | Atlético Huila | - | Atlético Junior | 2:3 |  |
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| 13. Round | 03/11/2011 | Atlético Junior | - | Cúcuta Deportivo | 2:2 | ||||
| 14. Round | 06/11/2011 | Once Caldas | - | Atlético Junior | 1:2 | ||||
| 15. Round | 17/11/2011 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 4:3 | |
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| 17. Round | 24/11/2011 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 2:0 | |
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| 18. Round | 27/11/2011 | Millonarios | - | Atlético Junior | 0:0 |
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