| 1. Round | 31/01/2016 | Atlético Bucaramanga | - | Independiente Medellín | 2:2 | ||||
| 2. Round | 06/02/2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Junior | 0:1 | ||||
| 3. Round | 14/02/2016 | Envigado FC | - | Independiente Medellín | 0:1 | ||||
| 9. Round | 12/03/2016 | Independiente Medellín | - | Santa Fe | 2:1 | ||||
| 11. Round | 02/04/2016 | Deportivo Pasto | - | Independiente Medellín | 1:0 | ||||
| 14. Round | 24/04/2016 | Independiente Medellín | - | Águilas Doradas | 2:0 |  |
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| 15. Round | 29/04/2016 | Deportes Tolima | - | Independiente Medellín | 1:2 | ||||
| 16. Round | 02/05/2016 | Independiente Medellín | - | Fortaleza FC | 3:0 | ||||
| 17. Round | 07/05/2016 | Atlético Nacional | - | Independiente Medellín | 1:2 | ||||
| 18. Round | 14/05/2016 | Independiente Medellín | - | Once Caldas | 2:1 |  |
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Colombia