| 1. Round | 24/03/2000 | Spartak Moskva | - | Alania Vladikavkaz | 3:1 | ||||
| 2. Round | 31/03/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Fakel Voronezh | 1:1 | ||||
| 7. Round | 06/05/2000 | FK Saturn | - | Alania Vladikavkaz | 2:0 | ||||
| 8. Round | 12/05/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Chernomorets Novorossisk | 1:0 | ||||
| 9. Round | 16/05/2000 | Torpedo Moskva | - | Alania Vladikavkaz | 2:0 |  |
|||
| 10. Round | 25/05/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Zenit St. Petersburg | 1:0 | ||||
| 11. Round | 07/06/2000 | Rostselmash Rostov | - | Alania Vladikavkaz | 0:1 | ||||
| 12. Round | 12/06/2000 | CSKA Moskva | - | Alania Vladikavkaz | 0:1 | |
|||
| 13. Round | 17/06/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Uralan Elista | 1:1 | ||||
| 14. Round | 22/06/2000 | Lokomotiv Moskva | - | Alania Vladikavkaz | 1:0 | |
|||
| 15. Round | 26/06/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Krylia Sovetov | 4:3 | ||||
| 16. Round | 07/07/2000 | Fakel Voronezh | - | Alania Vladikavkaz | 0:0 | ||||
| 17. Round | 14/07/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Rotor Volgograd (1929-2005) | 2:0 | |
|||
| 23. Round | 26/08/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Torpedo Moskva | 2:1 | ||||
| 24. Round | 05/09/2000 | Zenit St. Petersburg | - | Alania Vladikavkaz | 1:0 | |
|||
| 26. Round | 30/09/2000 | Alania Vladikavkaz | - | CSKA Moskva | 2:1 | |
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