| 1. Round | 09/02/2025 | Alianza Lima | - | Cusco FC | 3:0 | ||||
| 2. Round | 14/02/2025 | Cusco FC | - | FBC Melgar | 0:1 | ||||
| 3. Round | 24/02/2025 | Deportivo Binacional | - | Cusco FC | 1:2 |  |
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| 7. Round | 06/04/2025 | Cusco FC | - | Juan Pablo II College | 4:2 | ||||
| 8. Round | 13/04/2025 | Sporting Cristal | - | Cusco FC | 1:0 | ||||
| 9. Round | 20/04/2025 | Cusco FC | - | Ayacucho FC | 3:0 | ||||
| 10. Round | 28/04/2025 | AD Tarma | - | Cusco FC | 2:1 | ||||
| 12. Round | 11/05/2025 | Deportivo Garcilaso | - | Cusco FC | 1:3 | ||||
| 13. Round | 18/05/2025 | Cusco FC | - | Los Chankas | 3:3 |  |
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| 14. Round | 24/05/2025 | Comerciantes Unidos | - | Cusco FC | 1:2 | |
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| 15. Round | 14/06/2025 | Cusco FC | - | Cienciano | 0:0 |
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