| 19. Round | 26/01/2007 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Köln | 1:3 | ||||
| 20. Round | 04/02/2007 | 1. FC Köln | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 21. Round | 09/02/2007 | Eintracht Braunschweig | - | 1. FC Köln | 0:1 | ||||
| 22. Round | 18/02/2007 | Rot-Weiss Essen | - | 1. FC Köln | 5:0 | ||||
| 23. Round | 25/02/2007 | 1. FC Köln | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 24. Round | 05/03/2007 | Karlsruher SC | - | 1. FC Köln | 2:1 | ||||
| 25. Round | 11/03/2007 | 1. FC Köln | - | SpVgg Unterhaching | 4:1 | ||||
| 26. Round | 19/03/2007 | Hansa Rostock | - | 1. FC Köln | 1:1 |  |
|||
| 27. Round | 01/04/2007 | 1. FC Köln | - | TuS Koblenz | 3:1 | ||||
| 28. Round | 05/04/2007 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Köln | 0:1 | ||||
| 29. Round | 15/04/2007 | 1. FC Köln | - | SC Freiburg | 0:3 | ||||
| 34. Round | 20/05/2007 | 1. FC Kaiserslautern | - | 1. FC Köln | 2:2 |
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